くじら島に住む少年ゴンは、死んだと思っていた父がハンターとして生きていることを知る。ハンターになることを志したゴンはハンター試験を受けるため島を旅立つことを決意する！

試験会場で出会ったキルアとともに、小遣い稼ぎを兼ねて修業をすることにしたゴン。そこで出会ったウィングに「念能力」という存在を明かされるゴンとキルア。二人は念を取得し、天空闘技場編の最上階を目指す！

ハンター試験で出会ったレオリオと再会を果たしたゴンとキルア。ゴンの父ジンが仲間とともに作ったゲーム「グリードアイランド」を巡り、盗賊集団「幻影旅団」や幻影旅団を追うクラピカ、マフィア「ノストラードファミリー」など様々な思惑が交錯する！

紆余曲折ありグリードアイランドをプレイすることに成功したゴンとキルア。プロハンターのビスケに師事し、潜入した幻影旅団、ゲームマスターのレイザー、大量殺人鬼のボマーなど様々な強敵と戦いながらゲームクリアを目指す！

グリードアイランドをクリアしたゴンとキルアは、クリア報酬で手に入れたカードを使いジンに会おうとする。しかしそれを予想したジンの策で、ジンの弟子であるカイトの元へ飛ばされる二人。そこでカイトに「キメラ=アント」の存在を知らされ、その脅威を目の当たりにしてしまう。

壮絶を極めたキメラ=アントとの戦いの中で、ハンター協会は会長であるネテロを失う。また強敵を倒すべく自身に課した「制約」と「誓約」のため瀕死のゴンを救うべく、キルアは「アルカ＝ゾルディック」と再会する。